Deportivo Binacional soñó en grande y lo cumplió, pero nada fue fácil para el club que fundó Juan Carlos Aquino, actual presidente, en el 2010 en el departamento de Puno. En ese momento, Aquino era por entonces alcalde de Desaguadero, pequeña ciudad que se levanta junto al Lago Titicaca y que está definida por una curiosa particularidad: se encuentra dividida en dos partes, una peruana y una boliviana, unidas por un puente. Por ello, esto está relacionado directamente con el nombre del equipo.
Sus inicios datan en la Copa Perú, torneo en la que participó desde el 2010 hasta el 2017, temporada en la que logró coronarse campeón. Ese año se dio el gusto, pese a que en la fase regular de la Etapa Nacional clasificó por repechaje ante León de Huánuco. Luego dejó fuera a Defensor Laure Sur (Chancay), Unión San Martín (Pisco) y en la Finalísima superó a José Carlos Mariátegui (Tarapoto), CNI (Iquitos) y Atlético Grau (Piura).
En 2018, Binacional hizo su presentación en un estadio de Puno, disputó sus partidos del Apertura en Moquegua y más tarde se mudaría al estadio Guillermo Briceño Rosamedina, en Juliaca, ciudad situada a 3.824 metros sobre el nivel del mar. Allí se volvió un cuadro complicado para todo equipo que los visitaba, en síntesis se volvió su fortín, tal como le fue esta temporada 2019.
En su primer año en Primera División logró un octavo puesto en la tabla general, quitándoselo nada menos que a Universitario, y le abrió las puertas de la Copa Sudamericana. Sin embargo, en este Torneo se fue eliminado y apabullado (6-2 en el resultado global) por Independiente de Avellaneda. El próximo año se podría tomar su revancha al disputar la Copa Libertadores.
Por otro lado, de 17 partidos disputados de local este año en los torneos Apertura y Clausura, el cuadro que viste uniforme celeste cosechó 13 triunfos, tres empates y solo una derrota. Además, es el tercer equipo más taquillero del campeonato (con 114.160 espectadores en total), por encima de Sporting Cristal (96.183). Solo lo superan Alianza Lima (242.244) y Universitario (232.492), los más populares del país.
