Ascender a la Primera División del fútbol peruano no ha sido nada fácil para el cuadro de Carlos Stein, y es que desde su fecha de fundación, que data de un seis de marzo del 2012, el equipo granate ha forjado una historia que ha avanzado en escala a punta de esfuerzo, perseverancia y talento.
Para llegar a ser un equipo competitivo tuvieron que bregar desde sus primeros años. Luego de luchar algunas temporadas en la liga del distrito de José Leonardo Ortiz, en el 2016 llegaron a levantar el título de esta populosa jurisdicción. El 2017 fue una buena temporada para el elenco que lleva el nombre de un conocido pueblo joven leonardino, ya que obtuvieron el subcampeonato distrital, como también el título provincial y departamental.
Aquella temporada, los carlistas llegaron hasta los octavos de final de la Copa Perú, donde fueron eliminados por Atlético Grau de Piura. En el 2018, los granates alcanzaron el título de la etapa provincial y el subcampeonato en la etapa departamental. Luego, en la fase Nacional, fueron eliminados por Deportivo Garcilaso. No obstante, este año la organización y empuje de todo el plantel hizo que se lograra el objetivo.
Carlos Stein será el único equipo que represente a la región Lambayeque en la Liga 1; un torneo que cambió de formato en busca mejoras sustanciales. Los leonardinos ‘reemplazan’ en el puesto a un Pirata FC que llegó de similar forma a la Primera División, pero que al cabo de 12 meses tuvo que decir adiós.